La labor de la Fundación se encuentra enmarcada en exigentes sistemas de control de calidad, los que desde sus inicios en 1988 implicaron auditorias financieras y de gestión anualmente, a cargo de compañías auditoras 
reconocidas a nivel internacional. Actualmente, los sistemas de gestión de calidad de la FMB están avalados por la norma internacional ISO 9000. Al haber cumplido con los requerimientos mundiales de la norma, a partir del 8 de diciembre del año 20003 luego de un proceso de varios meses le fue otorgada a la Fundación la certificación ISO 9001:2000 por parte de la aseguradora SGS United Kingdom Ltd. y avalada por UKAS Quality Management.
Dicha acreditación, que convierte a la Fundación Moisés Bertoni, en la primer ONG ambientalista acreditada en Paraguay y una de las primeras de América Latina en lograr este reconocimiento.
La certificación fue conferida a las actividades de CONSERVACION DE LA BIODIVERSIDAD Y DESARROLLO SOSTENIBLE, hecho que coloca a la institución al nivel de eficiencia y eficacia de unas muy pocas organizaciones a nivel mundial, especialmente en el manejo de áreas protegidas y generación de bienestar humano derivado de la existencia de la biodiversidad.
Las Normas ISO 9000 son un conjunto de normas y directrices internacionales para la gestión de la calidad que, desde su publicación inicial en 1987, han obtenido una reputación global como base para el establecimiento de sistemas de gestión de la calidad.
Si bien, este sistema de gestión de la Calidad es un instrumento considerado originalmente para el desarrollo industrial, el comercio exterior y la protección del consumidor. Al adoptar esta tecnología en la gestión de la
Fundación, el equipo técnico y profesional ha tenido que desarrollar nuevas capacidades, mejorando el nivel de gestión y cambiando algunos de los arquetipos de relación con su trabajo.
Este hecho ha obligado a cambiar diversos paradigmas del relacionamiento y del trabajo. Mediante una serie de acciones planificadas y sistemáticas se ha pasado de una gestión activa y eficiente de las áreas administradas por la FMB a una gestión donde se proporciona la confianza y seguridad que los servicios que institucionalmente prestamos cumplen con los requisitos de calidad que hacen funcionales y sostenibles los ecosistemas.
Al certificar, es decir al declarar que nuestras acciones cumplen con los requisitos de funcionalidad y sostenibilidad ambiental y social, y en los casos que corresponde económica logramos no solo asegurar el cumplimiento de nuestro objetivos, sino que igualmente hemos incorporado conceptos de actuación preventiva, coherencia con las políticas de gestión e igualmente podemos mostrar nuestros resultados, es decir somos verificables por un tercero independiente y por todo lo anterior tenemos un sistema vivo y actualizado.
