En la actualidad se acepta que la ciencia y la tecnología son fuerzas productivas directas, componentes básicos de la cultura y determinantes de las relaciones de interdependencia en la economía mundial. El avance en estos campos es esencial para satisfacer las necesidades de desarrollo de una nación. No hacer investigación científica 
es carecer de identidad y esto trae como consecuencia que se viva a expensas de lo que se hace en otras partes creando condicionamiento y atraso.
El origen de todas las investigaciones científicas es la carencia de conocimientos. La investigación, sobre todo en temas ambientales, es marginal, ya que no se la considera productiva. Sin embargo, la investigación científica relacionada con las Áreas Silvestres Protegidas es una de las actividades más importantes, como generadora de conocimientos.
Un aspecto fundamental de la investigación científica es su aplicación en la toma de decisiones en el manejo y la planificación de las ASPs y la búsqueda de alternativas para el mejoramiento de las condiciones en el marco del desarrollo sostenible. Por ello, en las áreas protegidas administradas por la FMB se desarrollan constantes actividades de Investigación Científica, recibiendo científicos de renombradas universidades e institutos de investigación de todo el mundo. Igualmente, se brinda la infraestructura para que investigadores tanto nacionales como internacionales realicen desde pasantías hasta investigaciones de largo plazo como tesis de maestrías, doctorados entre otras
Actividades Actuales
- Consolidación del Comité de Asuntos Científicos: El Comité de Asuntos Científicos es la autoridad conformada para direccionar los procedimientos y priorizar las investigaciones dentro de la FMB. Está conformado por diez miembros, destacadas personalidades que trabajan en la temática ambiental y que se reúnen de forma bimensual. Funciona desde 1997, y actualmente se busca fortalecerlo a través de la conformación de un comité asesor integrado por reconocidos científicos nacionales e internacionales, quienes contribuirán en la consolidación de la RNBM y la Reserva Privada Tapytá como centros de investigación para el Bosque Atlántico del Alto Paraná (BAAPA), además de orientar las investigaciones en las Reservas Naturales Privadas.
- Establecimiento de lazos con instituciones de investigación a nivel nacional e internacional para el desarrollo y la promoción de investigaciones en el Paraguay: Se desarrollan diversos proyectos con instituciones de trayectoria nacional e internacional como: Asociación Guyra Paraguay, Universidad de Nuevo México, Texas A&M University, Texas Tech University, Museo de Historia Natural de Londres, Kansas State University, Universidad Europea de Madrid, Bird Life, entre otros. Las Reservas Naturales Privadas han sido en años anteriores lugares destacados de investigación científica, aportando importante información científica sobre la presencia de especies de flora y fauna nativa.
- Promoción de la RNBM como Centro de Investigaciones: La Reserva Natural del Bosque Mbaracayú es una de las ASPs mejor equipadas del país para la investigación científica, en cuanto a infraestructura se refiere, además cuenta con una increíble variedad de especies de flora y fauna nativa y contiene muestras representativas de ecosistemas prioritarios para la conservación a nivel mundial. La Fundación Moisés Bertoni trabaja en la divulgación de los resultados de las diferentes investigaciones realizadas en el área, así como en el diseño y la difusión de materiales de comunicación de las mismas, orientados tanto al público en general como a la comunidad científica. Las Reservas Naturales Privadas también pueden proveer facilidades para la investigación, además abarcar una amplitud de ecosistemas a nivel nacional, destacándose la Reserva Natural Yacyretá, que protege el ecosistema de dunas vegetadas, las Reservas Naturales Privadas Morombí, Ypeti, Ka’i Rague e Itabo, que protegen relictos boscosos del BAAPA y propiedades como Sombrero y Golondrina protegen importantes humedales.
- Gestión y monitoreo de la RNBM y otras áreas de interés: Utilizando tecnologías apropiadas. Para esto, se realizan proyectos de monitoreo de especies de fauna y flora consideradas como prioritarias, para la obtención de datos sobre el estado poblacional de las mismas, en trabajos establecidos a largo plazo (5-10 años). Las informaciones generadas a campo son levantadas en una base de datos, aplicando tecnología de Sistemas de Información Geográfica (SIG). A través de los SIG se mapea una Unidad Territorial, dando una visión dinámica de las interacciones de los distintos factores que la modelan, facilitando su comprensión y la determinación de las acciones necesarias para mejorar el manejo. Se busca utilizar las lecciones aprendidas en la RNBM el modelo de ordenamiento y manejo territorial, a las áreas de conservación privada a fin que las mismas sean núcleos de desarrollo regional.
