La Reserva cuenta con 16 Guardabosques capacitados y perfectamente equipados; la mayoría oriundos de la zona de amortiguamiento y algunos indígenas Aché; dando cumplimiento a la ley 112/91 de incorporarlos en la protección y manejo efectivo de la Reserva. Además existen seis puestos de control y vehículos, distribuidos en zonas estratégicas, desde donde los Guardabosques realizan las actividades inherentes a las tareas de protección 
y mantenimiento de la infraestructura en la sede administrativa: estación biológica, casa de Guardabosques, casa de visitantes, centro de visitantes y casa del Jefe de la Reserva. Unos 10 Km. de senderos son mantenidos y mejorados periódicamente dentro de la Reserva, al igual que 50 Km. de caminos en sus alrededores.
- Mantenimiento de la infraestructura: Incluyendo senderos y caminos en sus alrededores. También se realiza el mantenimiento de puentes, límites y hasta una pista de aterrizaje, con mano de obra local.
- La toma de decisiones basadas en la información científica, fundamental para el manejo de las Reservas, se realiza en coordinación con la Gerencia de Investigación de la FMB.
Actividades actuales:
1. Consolidación del manejo de la RNBM: dentro de esta meta una de las actividades más importantes es la consolidación del comité de gestión de la Reserva de Biosfera del Bosque Mbaracayú, conformado en abril de 2006 en la ciudad de Curuguaty. Este comité está integrado por representantes de todos los sectores de la zona de influencia de la Reserva de Biosfera del Bosque Mbaracayú, así como los responsables de su manejo y autoridades nacionales, y permitirá establecer un proceso de concertación de todos los actores involucrados en la gestión de 
esa particular porción del territorio nacional. En relación al área núcleo de la Reserva de Biosfera, la FMB ha realizado la actualización de la Evaluación Ecológica Rápida, o sea del estado biológico y ecológico del área, así como actualización del plan de manejo para la RNBM con la activa participación de las comunidades.
2. Apoyo al fortalecimiento del SINASIP: a través del apoyo a Iniciativas Privadas de Conservación se apunta, fundamentalmente a consolidar los corredores biológicos entre las distintas áreas silvestres protegidas ya consolidadas, utilizando como herramienta el enfoque biogeográfico. Una de las biorregiones más amenazadas del país es el Bosque Atlántico del Alto Paraná, en el cual la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú es una de las áreas de conservación más destacadas. La Gerencia de Manejo se encuentra trabajando directamente en esta RNBM, además de buscar consolidar los corredores biológicos que potencien la conservación en el área. Al mismo tiempo, la Gerencia promueve la consolidación de reservas naturales privadas en la Región Oriental, como la Reserva Privada Ypetí, Reserva Privada Kaí Rague, Reserva Privada Morombí, Reserva Privada Cerrados del Tagatiyá. También ha trabajado y apoyado iniciativas en el Chaco con la Reserva Privada Toro Mocho y en convenio con la Entidad Binacional Yacyretá, para la administración de la Reserva Natural Privada Yacyretá.
3. Todas estas actividades están enfocadas de manera a lograr una efectiva participación de las poblaciones aledañas en el manejo, protección y uso sostenible de los recursos naturales de la zona de influencia de las áreas protegidas involucradas, de manera a aportar en el proceso de mejoramiento de la calidad de vida de los mismos. Se busca diseñar y realizar acciones que posibiliten que las comunidades vecinas a las áreas protegidas creen las condiciones sociales, económicas y agro-ecológicas que favorezcan el crecimiento económico y el desarrollo social, en armonía con los recursos naturales existentes.
4. Recientemente la FMB en conjunto con otras ONG, ha promovido la conformación de la Red Paraguaya de Propietarios de Reservas Privadas, que se constituye como instancia de discusión, intercambios y planificación de acciones, especialmente para acceder y desarrollar incentivos para las Iniciativas Privadas de Conservación. Es una alianza estratégica con otras organizaciones con intereses afines, a través de un convenio de cooperación que busca afianzar el rol de las reservas naturales privadas en el contexto nacional, identificando beneficios aplicables a la conservación privada y buscando aclarar y agilizar los procesos de conformación de las Reservas Naturales Privadas.
