1-Monitoreo de Eleothreptus candicans en Aguara Ñu
El Yvyja u moroti o Eleothreptus candicans es un ave endémica y amenazada de los pastizales del Cerrado de la región Central de Sudamérica. Esta especie tiene una distribución muy restringida y actualmente sólo se conocen 
cuatro sitios conocidos donde se ha registrado la especie: Parque Nacional Emas, sudoeste de Goiás, en Brasil central, la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú, área privada protegida en el Depto. Canindeyú y en Laguna Blanca, Depto. San Pedro en Paraguay y en Bolivia, en la Estación Biológica Beni.
En Bolivia, en la Estación Biológica del Beni, en la provincia de Yucuma luego de la captura de un único macho en 1987, se efectuaron varias búsquedas con el objetivo de encontrar más individuos de la especie, pero sin resultado.
El 14 de septiembre de 2003, se fotografió un ejemplar macho de la especie a 1,5 km al noroeste de la Estación Biológica Beni, constituyendo el segundo registro para el país.
La presencia de la especie en Paraguay fue confirmada en 1995, con el descubrimiento de una pequeña población en Aguará Ñu, una pequeña área de cerrado dentro de la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú, Departamento Canindeyú. En 2001, se descubrió una segunda población en Laguna Blanca, Depto. San Pedro (Anon. 2002).
De esta manera, sólo existen tres poblaciones conocidas actualmente y una de ellas se encuentra en Aguará Ñu.
Hasta hace muy poco tiempo, se desconocía casi totalmente la historia natural y la ecología general de E. candicans. Durante el periodo 1998-2001, el biólogo Robert Pople, de la Universidad de Cambridge, realizó estudios sobre la biología general de la especie, requerimientos de hábitat, biología reproductiva y estatus de la población, con el fin de resolver algunas de las preguntas pendientes acerca de la conservación y comportamiento de la especie.
El objetivo del proyecto es monitorear la población de E. candicans en Aguara ñu, con el fin de proveer la información necesaria para dirigir los esfuerzos de conservación y orientar la elaboración del plan de manejo de los cerrados de Aguara ñu. Los monitoreos se han iniciado en 2004 y continúan hasta la fecha.
2-Censo de Aves en Lagunita
En la Reserva Natural del Bosque Mbaracayu, existen una serie de cuerpos de agua inmersas en una matriz de bosque. En esta zona existen registros únicos de aves para la reserva, de especies amenazadas como Harpyhaliaetus coronatus (Taguato hovy apiratî o Águila coronada). También se ha registrado la presencia de especies amenazadas con diferentes requerimientos de hábitat, como especies endémicas de pastizales mesopotámicos como Sporophila palustris (Capuchino pecho blanco) y S. cinnamomea (Capuchino corona gris) y especies endémicas de bosque atlántico como Platyrinchus leucoryphus (Jurupe o Picochato chico).
Uno de estos cuerpos de agua se denomina “Lagunita” y es un de los sitios visitados con frecuencia por los visitantes y turistas de RNBM. Cumple varias de las características indicadas para realizar salidas educativas de observación de aves o bird-watching. Es de fácil acceso, está ubicado relativamente cerca de la sede 
administrativa y está provisto de un mirador desde el cual se puede observar la laguna y los pastizales. Desde el mirador, es común observar grupos de Ramphastos toco (Tukâ guasu o Tucán grande) o Ramphastos dicolorus (Tukâ'i o Tucán pico verde), y escuchar las vocalizaciones de Procnias nudicollis (Guyra pong o Guyra campana). El cuerpo de agua está rodeado por humedales, pastizales y hábitats de cerrado, donde pueden observarse especies típicas de estos ambientes como Gubernetes yetapa (Jiperu o Yetapá grande), Tyrannus savana (Tuguái jetapa, Guyra jetapa) y Sporophila caerulescens (Guyra juru tu'î o Corbatita), especie comunes como Furnarius rufus (Ogaraity, Alonsito u Hornero), Volatinia jacarina (Jakarimi, Tisiu o Volatinero) y Brotogeris chiriri (Tu'î chyryry o Catita chiriri) y especies acuáticas como Jacana jacana (Aguapeaso o Jacana) y Gallinula chloropus (Ñahana o Polla negra).
El objetivo de este proyecto es monitorear la presencia de especies de interés (especies con algún grado de amenaza, raras y migratorias) en Lagunita y área de influencia.
Los datos resultantes de los estudios de monitoreo brindarán información para una mejor comprensión de los 
aspectos relacionados con la migración y status de muchas especies en la reserva.
También, los datos obtenidos a partir de estos estudios brindarán la información técnica de base para, eventualmente, elaborar material educativo e informativo para observadores de aves, turistas, o grupos de alumnos que visiten la reserva.
3-Ecología de los Barreros Naturales en la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú
La meta de este proyecto de investigación es el determinar la importancia ecológica de los barreros naturales en el Bosque Atlántico Interior de la Reserva Mbaracayú en Paraguay.
El estudio de la ecología de los barreros naturales de la reserva es un componente esencial de los estudios para acceder al grado Ph D por el estudiante Miguel Morales, del Programa Land Resources de la Universidad de Wisconsin-Madison.
"Esta investigación está siendo apoyada por la Fundación Moisés Bertoni para la Conservación de la Naturaleza, la Sociedad Zoológica de Milwaukee y los Fondos Tinker-Nave Short-Term Field Research del Programa de Estudios para Latinoamérica, el Caribe y la Península Ibérica, de la Universidad de Wisconsin-Madison.
Objetivos:
- Estudiar la distribución geográfica de los barreros de la reserva;
-
Determinar las especies que usan estos recursos, los patrones diarios y estacionales de uso, el comportamiento y los factores que afectan estos patrones, tales como temperatura, precipitación, humedad, vientos, luz solar y lunar, etc. 
- Las razones de geofagia: entender las razones por las cuales los animales silvestres practican la geofagia, lo cual será determinado a través del análisis físico-químicos de los suelos ingeridos y de sitios control; y
-
La importancia para la conservación: determinar la importancia ecológica y de conservación de los barreros naturales de la reserva, incluyendo las implicancias para el diseño y manejo de la unidad de protección. Esto será derivado teniendo en cuenta los resultados de los objetivos previos, y se espera que aporten conocimientos que ayuden al manejo de la reserva.
-Generar de un modelo estadístico predictivo de ocurrencia de barreros.
Se espera que los resultados provean a los manejadores y tomadores de decisiones, las bases científicas que ayuden a mejorar el manejo de la reserva y así asegurar su viabilidad a largo plazo.
Para más información, favor ingresar al Web site del Proyecto: http://mywebspace.wisc.edu/mamorales/web
4-Ecología de la Batracofauna de la Reserva Natural del Bosque Mbaracayu.
Este estudio foma parte el proyecto de tesis del estudiante de doctorado del Lic. Francisco Brusquetti, en la Universidad de Tucumán, Argentina.
Los objetivos del trabajo son:
- Determinar la composición de la batracofauna de la RNBM.
- Establecer la distribución de las especies por ambientes dentro de la RNBM.
- Comparar los ambientes según su batracofauna.
- Comparar los datos sobre composición de especies obtenidos en la RNBM con regiones afines (Misiones-Argentina, Matto Grosso do Sul y Paraná-Brasil) y con otras eco-regiones representadas en el país.
- En cuanto a reproducción, establecer los modos reproductivos y los microambientes necesarios para la reproducción y desarrollo larvario de las especies en la RNBM.
- Determinar la fenología de las diferentes especies que ocurren en la RNBM.
- Obtener un registro fotográfico y de vocalizaciones de las especies encontradas en la RNBM.
- Proporcionar descripciones y claves de las especies registradas en la RNBM.
5-Uniendo esfuerzos para monitorear una población clave de Yaguareté (Panthera onca) en la Eco-región del Bosque Atlántico del Alto Paraná.
Este proyecto está dirigido por el Lic. Carlos de Angelo, de la Universidadde Buenos Aires, con el apoyo de la Fundación Vida Silvestre y la Fundación Moisés Bertoni.
Originalmente el Yaguarete habitaba desde el sur de los E.E.U.U. en su límite norte, llegando hacia el sur hasta el Río Colorado en la Argentina. Actualmente en la mayor parte de su área de distribución las poblaciones de jaguares están declinando a medida que el hábitat disponible para esta especie disminuye, ocupando hoy en día menos de la mitad del área que se estima ocupaba aproximadamente 100 años atrás. Esta situación es atribuible a la retracción de su hábitat natural, a la caza indiscriminada y a la disminución de sus presas naturales, factores principales entre los que relegaron a la especie a las zonas boscosas del norte del país. A partir de reuniones de expertos, la provincia de Misiones y áreas aledañas de Brasil y Paraguay, fueron identificadas entre las áreas de máxima prioridad para concentrar esfuerzos de investigación y conservación sobre estas poblaciones, debido al potencial para la conservación de las mismas a largo plazo, y a su particularidad ecológica.
A partir de esto, se pretende desarrollar una metodología para obtener un mapa detallado de la distribución actual 
del yaguareté a lo largo de la Selva Paranaense que servirá de base para detectar los principales factores que afectan a las poblaciones de esta especie, validar un paisaje de conservación y mantener un monitoreo a largo plazo de su situación. A través de la participación de numerosos actores claves a lo largo de la eco-región del BAAPA que permitan la detección de la presencia de jaguares a través de la búsqueda de sus rastros, se podrá llevar adelante un relevamiento actualizado del yaguareté en los remanentes boscosos de esta eco-región. Un análisis de estos datos utilizando Sistemas de Información Geográfica (SIG) y métodos estadísticos multivariados nos permitirán determinar un paisaje potencial para conservar una población viable de esta especie.
Los objetivos del proyecto son:
-Comprometer a participantes clave en el desarrollo de un Programa de Conservación del Yaguareté para la eco-región de la Selva Paranaense
-Obtener un mapa de presencia de Yaguaretes en los fragmentos de Bosque Atlántico del Alto Paraná, que servirá de base para un análisis de viabilidad poblacional.
-Desarrollo de un sistema de monitoreo a largo plazo del yaguareté en la eco-región que nos permita seguir evaluando el estado de esta población a través del tiempo.
-Determinar cuáles son las áreas de mayor viabilidad para estas poblaciones en función de las variables obtenidas,y qué áreas podrían servir de corredores biológicos para esta especie debido a sus características.
-A nivel local: Monitorear la presencia de grandes felinos en la Reserva Natural del Bosque Mbaracayu.
6- Proyecto “Impacto de los rápidos cambios antropogénicos en la cobertura del suelo en el Chaco Interior y el Bosque Atlántico Interior de Paraguay sobre la ecología del Hantavirus.”
La FMB forma parte de este , desde el año 2004, y en el marco del mismo, un equipo multidisciplinario de investigadores del Southern Research Institute, Kansas State University, Texas Tech University, New Mexico State University, y la Fundación Moises Bertoni ha estado elaborando una base de datos ecológica para Paraguay. Actualmente, la base de datos se concentra en la biología de roedores en el Bosque Atlántico Alto Paraná (BAAPA).
Durante el transcurso del proyecto, se obtendrá información sobre ecología del paisaje, uso de la tierra, ecología humana, clima, y prevalencia del hanta virus en las comunidades de roedores. Se han instalado para ello puntos fijos de captura-recaptura de roedores vivos dentro de la Reserva y en el área de amortiguamiento de la misma, que sirven como parcelas permanentes de medición.
Los objetivos del proyecto se resumen como sigue:
- Monitorear longitudinalmente cómo la distribución de población de roedores y hanta virus cambia en el tiempo en sitios de estudio alterados y no alterados por la acción antropogénica, en el área de la Reserva Mbaracayú dentro del Bosque Atlántico Interior.
– Diseñar e implementar un sistema de base de datos para manejar información ecológica.
- Desarrollar un sitio Web interactivo para recolectar datos ecológicos.
- Desarrollar modelos predictivos de la dinámica espacio temporal de la ecología del virus de los roedores.
Para más información sobre este proyecto, ingrese a la página http://hanta.cs.nmsu.edu:8888/HTV/
