En la Reserva Natural Tapytá confluyen los bosques altos, representativos de la ecorregion del Bosque Atlántico del Alto Paraná con los pastizales típicos de la ecorregión de los Pastizales Mesopotámicos.
Las especies más comunes observadas en el estrato alto del bosque, caracterizado por una altura de más de 15 metros, en el cual la copa de los árboles alcanzan a tocarse, son: yvyra pyta (Peltophorum dubium), incienso (Myrocarpus frondosus), urunde'y para (Astronium fraxinifolium), lapacho (Tabebuia sp.), cedro (Cedrela sp.), alecrín (Holocalyx balansae), guajayvi (Patagonula americana), peterevy (Cordia trichotoma), timbo (Enterolobium contortisiliquun), guatambu (Balfourodendron riedelianum), laurel (Nectandra sp.), guaviju (Myrcianthes pungens) y cancharana (Cabralea canjerana).
Es de destacar la importancia de los "campos" en general, por la abundancia de especies botánicas de uso medicinal que albergan, especies cuyas propiedades son conocidas y ampliamente utilizadas por los habitantes de la región desde épocas remotas.
Tapytá es uno de los sitios de mayor diversidad de aves del país. En ella se dan cita 355 especies de aves, un 50 % del número total de especies de aves de Paraguay.
Alberga poblaciones de 19 especies en riesgo de extinción como la Yacutinga o Jakupeti (Pipile yacutinga), Pájaro campana (Procnias 
nudicollis), Ypekû akâ mirâ o Carpintero cara canela (Dryocopus galeatus) y Jurupe o Picochato chico (Platyrinchus leucoryphus), entre las especies de bosque. Y los pastizales, constituyen el hábitat del Chopî sa'yju (Xanthopsar flavus), Guyra'i ñu o Tachurí coludo (Culicivora caudacuta) y del Jetapa'i o Yetapá chico (Alectrurus tricolor), entre otros.
La Reserva Tapytá ha sido designada en el año 2003, como un Área de Importancia para las Aves (IBA), es decir ha sido declarada un
sitio de importancia internacional para la conservación de las aves. De esta manera, Tapytá forma parte de una red de 147 áreas en 21 países de las Américas de extrema importancia para la conservación de aves amenazadas, raras o endémicas.
En la reserva se han identificado 30 especies de mamíferos. En los campos naturales habita el cánido más grande de Sudamérica, el Aguara guazú o Lobo de crin (Chrysocyon brachyurus) y el Jurumi u Oso hormiguero (Myrmecophaga tridáctila).
Otras especies en riesgo de extinción son el Y'apo o Lámpara de agua (Chironectes minimus), un indicador de la calidad del agua, cuyas huellas suelen observarse en las orillas de los cursos de agua y el Akuti sa'yju (Dasyprocta azarae), de frecuente presencia en los bosques
