En 1987, profesionales del Centro de Datos para la Conservación (CDC) y del Museo Nacional de Historia Natural del Paraguay (MNHNP), ambas por entonces dependencias del Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG), en conjunto con científicos extranjeros, la organización The Nature Conservancy (TNC), organización conservacionista de Estados Unidos de América), y el Missouri Botanical Garden (USA), completaron una serie de estudios de 
campo en el bosque al cual denominaron Mbaracayú (en honor a la cordillera).
En el citado estudio determinaron la importancia biológica del área y la necesidad de convertir la propiedad en un área silvestre protegida. Fue elaborado un documento denominado "Justificación Técnica para la incorporación de 60.000 hectáreas de tierra en el Departamento de Canindeyú, al Sistema de Áreas Manejadas del Paraguay" (inédito).
Ese mismo año, durante la Reunión Anual de TNC en Snowbird, Utah, el entonces director del Centro de Datos para la Conservación, Ing. Raúl Gauto, presentó a TNC la idea de la Reserva Mbaracayú como una oportunidad para la conservación de recursos naturales en Paraguay. La División Latinoamericana de TNC decidió desarrollar acciones, a instancia del Cuerpo de Gobernadores, para la conservación de esa área, y designaron al Sr. Alan Randall para trabajar con Raúl Gauto en esa tarea.
Al año siguiente, en Enero de 1988 se firmó el Acta de constitución de la Fundación Moisés Bertoni para la Conservación de la Naturaleza (FMB), creada con el objetivo de contribuir a la conservación y el desarrollo sostenible de los recursos naturales del país, entre los que se encontraba el Mbaracayú y otros importantes ecosistemas y reservas. La primera Asamblea de la novel organización eligió a Raúl Gauto para ocupar el cargo de Director Ejecutivo de la FMB, quien ejerció como tal hasta el año 1998, asumiendo posteriormente la Ing. Nancy Cardozo quien ejerció hasta el año 2005, fecha en la cual el Lic. Yan Speranza asume la dirección institucional.
