2004: Forestal Yguazú, subsidiaria de Shell Forestry, empresa de presencia mundial, selecciona a la Fundación Moisés Bertoni como donataria de la Reserva Natural Tapytá, de 4.736 hectáreas, parte de la propiedad original de 12.000 hectáreas de la empresa, para su conservación a perpetuidad. La Fundación obtuvo el reconocimiento de la misma como Reserva Privada en 2005.
2003: la FMB obtiene la certificación de la empresa SGS bajo la norma de calidad ISO 9000:2001, en reconocimiento a su gestión de calidad institucional. Es la primera ONG paraguaya del ámbito de la conservación en lograr esta certificación reconocida mundialmente.
2002: Se logra la consolidación de una nueva construcción de más de 100 m2 para alojamiento de científicos en una nueva Estación Biológica dentro de la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú.
2002: Se logró la aprobación de una propuesta presentada ante el GEF- Banco Mundial para la conservación de la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú
2001: La FMB impulsó la creación del Comité Nacional de Humedales, del cual es coordinadora hasta la fecha (reelecta en el 2006).
2000: La Reserva Natural del Bosque Mbaracayú con sus 64.407 hectáreas, más el área de la Cuenca Alta del Río Jejuí, totalizando unas 300.000 hectáreas en conjunto, recibieron el reconocimiento de la UNESCO como la primera Reserva de Biosfera del Paraguay. Con el esfuerzo y el apoyo de la Fundación Moisés Bertoni, se logró cumplir con los requisitos exigidos por la UNESCO para esta designación: conservación de la biodiversidad, desarrollo sostenido de los recursos en colaboración con la población local y la integración del área en una red internacional de investigación, enseñanza y vigilancia del medio ambiente
1999: La FMB organiza conjuntamente con la Oficina Cytes-Py y la Universidad de Florida (USA) el IV Congreso sobre Manejo de Fauna en la Amazonía y Latinoamérica, el cual cuenta con mas de 500 participantes y es declarado de interés nacional.
1998: Se concluye el montaje de la planta procesadora de sangre, Lican Paraguay; situada en la ciudad de Asunción, tiene un amplio efecto positivo en el medio ambiente.
1997: Se obtiene una donación de la Fundación Avina para el desarrollo de un plan de reconversión industrial, aportando de esta forma al mejoramiento de la calidad de vida de la población.
1996: Se recibe una donación con carácter de fideicomiso por parte del grupo de rock R.E.M., para la consolidación institucional.
1995: La FMB recibe en la ciudad de Washington el Premio Messenger Award 1995, por excelencia en tareas que busquen la conservación de la biodiversidad y uso sostenible de los recursos naturales.
1994: La FMB es reconocida como miembro pleno de la Unión Mundial para la Naturaleza (UICN)
1993: Se concluyó la construcción de la sede administrativa y Casa de Visitantes en la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú, constituyendo un enorme avance en la adecuación de la infraestructura existente en el área protegida.
1991: Se obtienen los recursos y se efectúa el pago a la Corporación Financiera Internacional por los terrenos que conforman el área actual de la Reserva Natural del Bosque Mbaracayú.
